Lãnh thổ Dakota gồm có phần đất cận bắc nhất thuộc Cấu địa Louisiana của Hoa Kỳ. Tên lãnh thổ ám chỉ đến chi hệ Dakota của các bộ lạc người bản địa Sioux sinh sống trong khu vực vào lúc đó. Phần lớn Lãnh thổ Dakota trước kia từng là một phần của các lãnh thổ Minnesota và Nebraska. Khi Minnesota trở thành một tiểu bang vào năm 1858, phần đất còn lại nằm giữa sông Missouri và ranh giới phía tây của Minnesota trở thành vô tổ chức. Khi Hiệp định Yankton được ký kết vào cuối năm đó với kết quả phần nhiều vùng đất của người bản địa Sioux được nhượng cho chính phủ Hoa Kỳ thì những người định cư đầu tiên tại đây đã tổ chức một chính quyền lâm thời không chính thức và đã vận động cho vùng đất này được trở thành một lãnh thổ nhưng không thành công. Ba năm sau đó, cháy rể của tổng thống tân cử Abraham Lincoln's là J.B.S. Todd đã đích thân vận động cho vùng đất này trở thành một lãnh thổ và sau cùng chính phủ tại Washington chính thức thành lập Lãnh thổ Dakota. Nó trở thành một lãnh thổ có tổ chức vào ngày 2 tháng 3 năm 1861. Ngay khi thành lập, Lãnh thổ Dakota bao trùm phần lớn các tiểu bang Montana và Wyoming ngày nay.